2 ปีหลังจากที่โคบาโบโนโบผู้เกลียดมนุษย์เข้าโจมตีมนุษย์ผู้รอดชีวิตในซานฟรานซิสโก ซีซาร์และเผ่าลิงอัจฉริยะของเขาถูกบังคับให้ต่อสู้กับกลุ่มทหารอันธพาลของสหรัฐฯ ที่รู้จักกันในชื่ออัลฟ่า-โอเมก้า ซึ่งนำโดยพันเอกผู้โหดเหี้ยม อัลฟ่า-โอเมก้าใช้ลิงอื่นๆ ที่แต่ก่อนภักดีต่อโคบะ ซึ่งเรียกอย่างเสื่อมเสียว่า “ลา” หมวดอัลฟ่า-โอเมกาเปิดฉากโจมตีด่านหน้าของลิง แต่ก็ล้มเหลว และทหารสี่นาย รวมทั้งหนึ่งคนชื่อนักเทศน์ และกอริลลา “ลา” ชื่อเรด ถูกจับตัวไป ซีซาร์ปล่อยทหาร หวังว่าการแสดงความเมตตาจะแสดงให้พันเอกเห็นว่าลิงไม่ใช่คนป่าเถื่อน เรดหลบหนีไปโดยทำร้ายกอริลลาเผือกในฤดูหนาว ต่อมา บลูอายส์ ลูกชายคนโตของซีซาร์ และร้อยโทร็อคเก็ต กลับมาจากการเดินทางอันยาวนาน บลูอายส์รายงานว่าพวกเขาพบสถานที่แห่งหนึ่งในทะเลทรายที่เหมาะสำหรับลิง แม้ว่าฤดูหนาวจะรู้สึกไม่สบายใจที่ยืนยันว่าลิงควรออกไปทันที