ลูกเรือของ ยูเอสเอส เอ็นเตอร์ไพรส์ สำรวจขอบเขตที่ไกลที่สุดของอวกาศที่ไม่เคยมีมาก่อน ซึ่งพวกเขาได้พบกับศัตรูผู้โหดเหี้ยมรายใหม่ ผู้ที่ทำให้พวกเขาและทุกสิ่งที่สหพันธรัฐยืนหยัดได้รับการทดสอบ หลังจากแวะที่ สตาร์เบส ยอร์กทาวน์ ซึ่งเป็นด่านหน้าอันห่างไกลบริเวณชายขอบของสหพันธรัฐ ยูเอสเอส เอ็นเตอร์ไพรส์ ซึ่งอยู่ได้ครึ่งทางของภารกิจห้าปีของพวกเขา ก็ถูกทำลายโดยคลื่นเอเลี่ยนที่ไม่มีใครหยุดยั้งได้ เมื่อลูกเรือติดอยู่บนดาวเคราะห์ที่ไม่มีใครรู้จักและไม่มีหนทางช่วยเหลือที่ชัดเจน พวกเขาพบว่าตัวเองกำลังต่อสู้กับศัตรูที่โหดเหี้ยมด้วยความเกลียดชังที่สมควรได้รับต่อสหพันธรัฐและทุกสิ่งที่สหพันธรัฐยึดถือ มีเพียงนักรบเอเลี่ยนผู้กบฏเท่านั้นที่สามารถช่วยให้พวกเขากลับมารวมตัวกันอีกครั้งและออกจากโลกเพื่อหยุดยั้งภัยคุกคามร้ายแรงนี้จากการเริ่มต้นสงครามกาแล็กซีที่อาจเกิดขึ้นได้