หลังจากการทดลองทางวิทยาศาสตร์นำไปสู่การสร้างร่างโคลนของมิวทู เขาก็ออกเดินทางเพื่อทำลายโลก แอชและเพื่อนๆ ตัดสินใจขัดขวางแผนการชั่วร้ายของมิวทู แอชและเพื่อนๆ พยายามขัดขวางแผนการชั่วร้ายของมิวทูที่จะทำลายคำพูดนี้ เมื่อนักวิจัยค้นพบและใช้ประโยชน์จากฟอสซิลของโปเกมอนมิวในตำนาน พวกเขาก็ปล่อย สิ่งทรงสร้างที่ขัดต่อกฎแห่งธรรมชาติ มิวทูในตำนานมีไว้เพื่อใช้เป็นเครื่องมือในการทำลายล้าง แต่เป็นมิวทู ตระหนักถึงต้นกำเนิดที่น่าสงสัยของมันเอง มันเริ่มไม่พอใจผู้สร้างมนุษย์และหาทางแก้แค้น