ในโลกที่ผู้คนสะสมโปเกมอนเพื่อต่อสู้ เด็กชายคนหนึ่งได้พบกับปิกาจูพูดได้อัจฉริยะและต้องการเป็นนักสืบ เรื่องราวเริ่มต้นขึ้นเมื่อนักสืบมือฉมัง แฮร์รี กู๊ดแมน หายตัวไปอย่างลึกลับ ทำให้ทิม ลูกชายวัย 21 ปีของเขาต้องค้นหาว่าเกิดอะไรขึ้น ผู้ช่วยในการสืบสวนคืออดีตโปเกมอนคู่หูของแฮร์รี่ นักสืบพิคาชู นักสืบสุดน่ารักที่ฉลาดเฉลียวและน่ารักจนทำให้แม้แต่ตัวเขาเองยังงงงวยอีกด้วย เมื่อพบว่าพวกเขามีความพร้อมในการสื่อสารระหว่างกัน ทิมและพิคาชูจึงร่วมมือกันในการผจญภัยอันน่าตื่นเต้นเพื่อไขปริศนาที่พันกัน